A actividade científica do Instituto Tecnológico e Nuclear (ITN) é desenvolvida nas seguintes unidades orgânicas:
As unidades orgânicas integram grupos de investigação e são coordenadas por um investigador nomeado pelo Conselho Directivo do Instituto.
O controlo de execução orçamental é efectuado pelo Departamento de Apoio Geral em colaboração com os coordenadores das diferentes unidades orgânicas.